Уставный капитал ПАО «НМТП» составляет 192 598 154 руб., он разделен на 19 259 815 400 акций номиналом 0,01 руб. В ноябре 2007 г. ПАО «НМТП» осуществило публичное размещение акций (IPO) на Лондонской фондовой бирже и РТС (с декабря 2015 г. — ПАО Московская Биржа). В ходе IPO было размещено 19,38% акционерного капитала Компании в форме обыкновенных акций и глобальных депозитарных расписок (GDR).

По состоянию на 31 декабря 2018 г. крупнейшими акционерами ПАО «НМТП» являлись Novoport Holding Ltd. с долей 50,10714%, Федеральное агентство по управлению государственным имуществом с долей 20,0% и ООО «Транснефть-Сервис» с долей 10,52736%. Также ПАО «НМТП» владеет собственными (казначейскими) акциями в количестве 2,6686% уставного капитала. Оставшиеся акции приходятся на долю миноритарных акционеров и акции, находящиеся в свободном обращении, включая акции, обращающиеся в форме GDR. По состоянию на 31 декабря 2018 г. в форме GDR обращалось 1 079 236 446 акций ПАО «НМТП», что составляет 5,6036% уставного капитала, включая казначейские акцииВ голосовании на общих собраниях акционеров не участвуют. в форме GDR в количестве 2,6686% уставного капитала.

Примечание: 29 января 2019 г. Компания получила уведомление о том, что 21 января 2019 г. владельцем 9 650 542 620 акций (50,10714%), принадлежавших компании Novoport Holding Ltd., стало ПАО «Транснефть».